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Clientの姉妹製品であるFileZilla Serverは、FTPおよびFTP over SSL / TLSをサポートするFTPサーバーです。FTP over SSL / TLSは、サーバーへの安全な暗号化接続を提供します。FileZilla Serverは、FTPおよびFTPS(FTP over SSL / TLS)をサポートしています。MODE Zによる圧縮SSL / TLSによる暗号化(FTPS用)SFTP(SSHファイル転送プロトコル)のサポートは、Filezillaサーバーには実装されていません。