「ページを並べ替える」機能を備えたアプリ

NAPS2

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NAPS2は、シンプルさと使いやすさに重点を置いたドキュメントスキャンアプリケーションです。
PDFTK Builder

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PDFTK Builderは、PDFtkの無料のグラフィカルインターフェイスであり、はるかに使いやすくなっています。