環境科学者が調査中のシステムの「適切な」モデルを見つけるのをサポートするには、ユーザーが異なるモデルを使用してシミュレーションを実行し、識別可能性を評価し、モデルパラメーターの値を推定できるコンピュータープログラムが必要です（測定データを使用して）、予測の不確実性を推定します。コンピュータープログラムAQUASIMは、技術的および自然の水生システムの分析を実行するために開発されました。AQUASIMでは、ユーザーがシステムの空間構成を一連のコンパートメントとして定義し、リンクで相互に接続できるようにすることができます。現在、利用可能なコンパートメントの種類には、混合リアクター、バイオフィルムリアクター（バイオフィルムとバルク流体相で構成される）、移流拡散リアクター（分散の有無にかかわらずプラグフローリアクター）、飽和土壌カラム（収着および細孔容積交換）、河川区間（開水路での水の流れと物質の輸送と変換を記述する）と湖（湖の水柱と隣接する堆積物層での層化と物質の輸送と変換を記述する）コンパートメントは2種類のリンクで接続できます（レイクはまだ他のコンパートメントにリンクできません）。移流リンクは、分岐点やジャンクションを含む区画間の水流と移流物質の輸送を表します。拡散リンクは、特定の物質が選択的に貫通できる境界層または膜を表します。プログラムのユーザーは、コンパートメント内でアクティブにする状態変数と変換プロセスのセットを自由に指定できます。ユーザーが定義したモデルの場合、プログラムは測定データを使用してシミュレーション、感度分析、パラメーター推定を実行できます。これらの機能により、プログラムは非常に有用な研究ツールになります。計算結果を画面にプロットし（ウィンドウインターフェイスバージョンのみ）、プリンタに転送するためにPostScriptファイルに書き込むことができます......