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Javadoc

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Javadocは、ソースコードのドキュメントコメントからHTML形式のAPIドキュメントを生成するためのSun Microsystemsのツールです。
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Natural Docs

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Natural Docsは、複数のプログラミング言語用のオープンソースのドキュメントジェネレーターです。コードは、平易な英語のような自然な構文で文書化します。