Cytoscape

Cytoscape

Cytoscapeは、複雑なネットワークを視覚化し、これらをあらゆるタイプの属性データと統合するためのオープンソースソフトウェアプラットフォームです。
Cytoscapeは、複雑なネットワークを視覚化し、これらをあらゆるタイプの属性データと統合するためのオープンソースソフトウェアプラットフォームです。バイオインフォマティクス、ソーシャルネットワーク分析、セマンティックウェブなど、さまざまな種類の問題ドメイン用に多くのプラグインが利用できます。Cytoscapeは、分子生物学およびシステム生物学、ゲノミクス、およびプロテオミクスの多くのユースケースをサポートします:分子および遺伝的相互作用データセットを多くの形式でロードし、グローバルデータセットと機能注釈を投影および統合しますReactomeやKEGGなどの人間がキュレートした経路データセットを分析します。
cytoscape

ウェブサイト:

特徴

ライセンスのあるすべてのプラットフォームでのCytoscapeの代替

Polinode

Polinode

Polinodeは、強力なネットワーク分析を簡単に実行できるツールです。ネットワークを分析および視覚化する前に、独自のネットワークデータをアップロードするか、統合された関係ベースの調査ツールを使用してデータを収集できます。
  • 有料アプリ
  • Web
KeyLines Graph Visualization Toolkit

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KeyLinesは、高性能なグラフ視覚化アプリケーションを迅速に構築するためのJavaScriptツールキットです。
Pathomx

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Pathomxは、実験データの分析と視覚化のためのワークフローベースのツールです。
Prefuse

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プリヒューズ可視化ツールキット
Tabnetviz

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テーブルベースのネットワークビジュアライザー、ノードテーブルとエッジテーブルから静的なネットワークビジュアライゼーションを生成するためのコマンドラインツール。