Cytoscape

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Cytoscapeは、複雑なネットワークを視覚化し、これらをあらゆるタイプの属性データと統合するためのオープンソースソフトウェアプラットフォームです。
Cytoscapeは、複雑なネットワークを視覚化し、これらをあらゆるタイプの属性データと統合するためのオープンソースソフトウェアプラットフォームです。バイオインフォマティクス、ソーシャルネットワーク分析、セマンティックウェブなど、さまざまな種類の問題ドメイン用に多くのプラグインが利用できます。Cytoscapeは、分子生物学およびシステム生物学、ゲノミクス、およびプロテオミクスの多くのユースケースをサポートします：分子および遺伝的相互作用データセットを多くの形式でロードし、グローバルデータセットと機能注釈を投影および統合しますReactomeやKEGGなどの人間がキュレートした経路データセットを分析します。
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PythonのCytoscapeの代替

Tabnetviz

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テーブルベースのネットワークビジュアライザー、ノードテーブルとエッジテーブルから静的なネットワークビジュアライゼーションを生成するためのコマンドラインツール。