VMD - Visual Molecular Dynamics

VMDは、使用可能なメモリの制限まで、非常に大きな構造を扱うことができます。VMDの64ビットバージョンでは、大規模で長時間のシミュレーション軌跡を物理メモリにロードし、大容量のデータセットに対応できます。Natureの2013年5月30日号で説明されている6400万原子のHIVキャプシドシミュレーションは、適切に装備されたグラフィックワークステーションでVMDを使用して実行できることの第一例です。HIV-1モデルは、構造構築ツールを使用したシミュレーション用に準備され、VMDのスクリプト機能は後で軌道解析に使用されました。Natureカバーに示されているHIV-1キャプシドの全原子構造は、内部Tachyonレイトレーシングエンジンを使用してVMD内でレンダリングされ、その後、ウイルスエンベロープとNatureカバーテキストの芸術的表現と合成されました。...