123
VMD - Visual Molecular Dynamics

VMD - Visual Molecular Dynamics

VMDは、使用可能なメモリの制限まで、非常に大きな構造を扱うことができます。VMDの64ビットバージョンでは、大規模で長時間のシミュレーション軌跡を物理メモリにロードし、大容量のデータセットに対応できます。Natureの2013年5月30日号で説明されている6400万原子のHIVキャプシドシミュレーションは、適切に装備されたグラフィックワークステーションでVMDを使用して実行できることの第一例です。HIV-1モデルは、構造構築ツールを使用したシミュレーション用に準備され、VMDのスクリプト機能は後で軌道解析に使用されました。Natureカバーに示されているHIV-1キャプシドの全原子構造は、内部Tachyonレイトレーシングエンジンを使用してVMD内でレンダリングされ、その後、ウイルスエンベロープとNatureカバーテキストの芸術的表現と合成されました。...

カテゴリー

WindowsのVMD - Visual Molecular Dynamicsの代替

Jmol

Jmol

Jmolは、化学、生化学の学生、教育者、研究者向けの無料のオープンソース分子ビューアです。
Rasmol

Rasmol

RasMolは、主に生物学的高分子構造の描写と探索を目的とする分子グラフィックの視覚化用に記述されたコンピュータープログラムです...
pymol

pymol

PyMOLは、3D分子構造をレンダリングおよびアニメーション化するための強力で包括的な分子視覚化製品です。